Die Kirchenmusik ist eines der Aushängeschilder von St. Marien. Kirchenmusikdirektor Carsten Zündorf und sein Team stehen für die besondere Qualität der Darbietungen, die von Musik mit Kindern über die Marktmatinée bis hin zu Aufführungen der großen Oratorien reichen. Verschiedene Musikgruppen tragen in St. Marien das vielfältige musikalische Programm im Gottesdienst oder bei Konzerten – die Marienkantorei, der Motettenchor, die Jugendkantorei, die beiden Kinderchöre und – last but not least – der Posaunenchor.

Das hohe Niveau der Kirchenmusik zu halten und weiter auszubauen, um auch in Zukunft mit großen Konzertaufführungen das Kulturleben in Osnabrück und Umgebung zu bereichern, bedarf es des idealen und finanziellen Engagements möglichst vieler – zu diesem Zweck haben einige 1993 den Förderverein „Musik an St. Marien e.V.“ gegründet, der heute knapp 50 Mitglieder zählt, die die Kirchenmusik finanziell fördern.