Die Bildung eines Jugendchores an St. Marien entstand aus dem Wunsch heraus, den älteren Kinder aus dem Kinderchor St. Marien ein weiteres Singangebot zu machen. Die inzwischen vierzig jugendlichen Sängerinnen und Sänger kommen aus allen Stadtteilen Osnabrücks. Auch die sängerische Bandbreite des Chores ist groß. So führt die Jugendkantorei anspruchsvolle mehrstimmige Chorliteratur der klassischen Kirchenmusik, aber auch zeitgenössische Musical-Aufführungen und Popliteratur auf. Zusammen mit der Marienkantorei Osnabrück hat die Jugendkantorei bei Aufführungen von Johann Sebastian Bachs „Weihnachtsoratorium“, „Magnificat“ und „Matthäuspassion“ sowie bei Arthur Honeggers „Jeanne d’Arc“ mitgewirkt. Aber auch eigenständige Konzerte werden veranstaltet, so zuletzt das Friedenskonzert „Et in terra pax“ aus Anlass des 375jährigen Westfälischen Friedensschlusses gemeinsam mit den Jungen Instrumentalisten Osnabrück. Musical-Aufführungen wie die Stücke „Krach bei Bach“ von Rainer Bohm oder „Eleasar“ von Gerd-Peter Münden ergänzen das vielseitige Repertoire der Jugendkantorei.